Lorsque le Maître Jedi Tahl vint à rejoindre la Force, environ neuf ans avant la Bataille de Naboo, Kit Fisto devint le professeur d'une Mon Calamari nommée Eerin Bant, l'ancienne Padawan du maître défunt. Fisto termina la formation de Bant et fit d'elle un Chevalier Jedi valeureux, en même temps qu'il obtint le titre de Maître Jedi.
Kit Fisto força le respect de ses pairs et aînés Jedi en se chargeant de missions quasi impossibles et en les accomplissant avec une compétence hors du commun.
Grâce à une maturité diplomatique et un impressionnant cursus de missions accomplies sur le terrain, Fisto servit même de conseiller, au même titre que Yoda ou Mace Windu, au personnage le plus éminent de la République : le Chancelier Suprême Palpatine. Mais malgré la position élevée de Kit Fisto au sein des Jedi, le sénateur nautolan Darsana remit en question l'efficacité de l'Ordre après les tentatives d'assassinat contre Padmé Amidala. Kit Fisto ne se cantonnait pas seulement à un rôle de conseiller Jedi dans les plus hautes sphères de la bureaucratie républicaine, mais était un excellent combattant.
C'est pour cette raison que, dix ans après la Bataille de Naboo, Kit Fisto fut désigné par Mace Windu pour intégrer une force expéditionnaire de 200 Jedi, qui partit affronter le Comte Dooku et ses alliés sur la lointaine Géonosis, dont un petit groupe seulement revint sur Coruscant.
Le but de cette mission était de sauver le Chevalier Jedi Obi-Wan Kenobi, capturé par les Géonosiens alors qu'il suivait la piste du chasseur de primes Jango Fett, ainsi que la sénatrice Padmé Amidala et le Padawan Anakin Skywalker, capturés en infiltrant la place forte des Séparatistes pour sauver Obi-Wan. Lorsque le Comte Dooku s'apprêta à exécuter ses prisonniers, les 200 Jedi accompagnant Mace Windu, Kit Fisto compris, surgirent des gradins de l'arène d'exécution et combattirent les Géonosiens et les bataillons de droïdes des Séparatistes.
Pendant cette bataille, Fisto prouva ses aptitudes de guerrier par son style de combat qui alliait l'utilisation de la Force et des ses organes sensoriels. Le droïde de protocole C-3PO, ou du moins sa tête montée sur le corps d'un droïde de combat, eut la malchance de se confronter à l'art mortel du Jedi. Par chance, le Jedi nautolan le repoussa seulement à l'aide de la Force et, une fois assuré que le droïde hybride était hors d'état de nuire, reprit aussitôt le combat.
Combattant agile, gracieux et talentueux, Kit Fisto se battit vaillamment contre les Géonosiens et les droïdes dont les effectifs au cours de la bataille ne cessaient de croître. La bataille fut violente, et rapidement vinrent s'ajouter, aux cadavres des Géonosiens et aux carcasses des droïdes, les corps des Jedi qui succombèrent l'un après l'autre sous le feu ennemi. Seuls un cercle d'un vingtaine de Chevaliers Jedi, parmi lesquels comptait Kit Fisto, survécut à la mêlée entre les murs sculptés de l'arène d'exécution.
Alors que Dooku allait exécuter les survivants, les renforts de la République, menés par Maître Yoda, arrivèrent et sauvèrent les rescapés à bord de leurs canonnières TIO/BA, et déclenchèrent la Bataille de Géonosis, première affrontement de la Guerre des Clones.
Durant la bataille, Kit Fisto dirigea une unité spéciale de soldats clones au coeur du chaos de la bataille.
Kit Fisto était déjà réputé pour être un Jedi qui ne craignait pas l'action, bien avant les évènements de Géonosis.
Il dirigea avec le Jedi Belsed-Qan Idan, quelques temps avant la Guerre des Clones, une force d'intervention Jedi, à bord du vaisseau Monitor III, qui anéantit les Pirates Iridium, qui harcelaient les transports voyageant dans le secteur Atrivis. Si la mission s'avéra être un succès, elle coûta néanmoins la vie à des Jedi.
Pendant la Guerre des Clones, Fisto participa la Campagne de la planète Mon Calamari. Etant un Nautolan originaire de Glee Anselm, une planète recouverte en grande majorité par les eaux, Kit Fisto est un excellent nageur et a, au cours de son entraînement, développé et perfectionné des techniques de la Force très difficiles afin de manipuler l'eau pour un usage défensif ou offensif. Ces techniques lui furent très utiles pendant l'affrontement qui s'ensuivit sur la planète aquatique.
Au cours de la Guerre des clones, la planète fut partagée par une guerre civile entre les deux ethnies principales, aux vues politiques très différentes : d'un côté les Mon Calamaris, partisans de la République, et de l'autre les Quarrens, pro-séparatistes.
Pour aider les Mon Calamaris, surpris par une attaque de la Ligue d'Isolation Quarren sur les cités émergées, Maître Yoda dépêcha une flotte de destroyers stellaires Acclamators, commandée par le Général Kit Fisto.
A la tête de ses bataillons de soldats clones seatroopers et des Chevaliers Mon Calamaris, chevauchant leurs Keelkana, venus les épauler, Fisto attaqua les bases immergées des Quarrens, s'aidant de ses dons d'amphibien et de Jedi pour détruire des sous-marins de combat droïdes Manta, et mettre en déroute les troupes aquatiques de la Fédération du Commerce, venue soutenir ses alliés quarrens. Une victoire supplémentaire sur la Confédération des Systèmes Indépendants fut remportée par le Jedi nautolan.
Par la suite, Fisto fut entraîné dans des engagements du même genre sur Devaron et Ord Cestus durant cette guerre. Sur cette dernière planète, il fut même confronté à la terrible Assaj Ventress et ne fut sauvé que par l'intervention d'Obi-Wan Kenobi.
Si Kit Fisto était un guerrier aux méthodes expéditives et parfois peu orthodoxes, il adoptait une attitude tout à fait posée et conformiste lorsqu'il évoluait dans les lieux touchant à la politique galactique. Le seul défaut qu'on puisse lui reprocher est son amitié exclusive à la Twi'lek Aayla Secura, une camarade Jedi, et son souci d'inquiétude permanent pour elle, ce qui était considéré comme un débordement sentimental, à l'encontre de la règle contre l'attachement du Code Jedi.
Les deux Jedi partagent un profond respect l'un pour l'autre et il n'est pas impossible que, s'ils ne faisaient pas partie de l'Ordre Jedi, ce respect mutuel aurait évolué vers quelque chose d'autre. Mais cela, Kit ne le saura jamais, car un sombre destin lui était réservé.
Après la Bataille de Coruscant, alors que la Guerre des Clones touchait à sa fin, Kit Fisto accompagna Mace Windu dans le bureau du Chancelier Palpatine pour l'obliger à rendre ses pouvoirs exécutifs. Ce n'est qu'en chemin, après la révélation d'Anakin quant à la véritable identité du Chancelier, que Kit et ses trois compagnons comprirent que la tâche allait être plus ardue qu'il ne le pensait et préparèrent leurs sabres laser en conséquence pour parer toute mauvaise surprise de la part de Dark Sidious. Mais le Seigneur Noir des Sith, bien trop puissants pour les Jedi, parvint facilement à tuer le Nautolan après une courte passe d'armes.
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